朱燮元，原名懋赏，字懋和，号恒岳，一号石芝，浙江承宣布政使司绍兴府山阴县人，明朝后期名臣，军事家。历官大理评事、苏州知府、广东提学副使等职，任内平反冤狱，革除民弊，又抚定织工事变。后为奉养父母而弃官家居十年，其后被起复为陕西按察使、四川左布政使。受命征讨奢安之乱，底定西南，累加至兵部尚书兼督贵州、云南、广西诸军务，赐尚方剑，再进少师、左柱国。病逝，年七十三，初谥襄毅，后改谥忠定。
朱燮元，其祖上世居于浙江绍兴府山阴县的白洋里，母亲赵氏生三子，朱燮元是赵氏最小的儿子，朱燮元中举后，曾应绍兴知府萧良干的延请，入官署教授诸子经书两年。山阴江北四都频遭水患，萧良干采纳朱燮元的建议，亲临沿海察勘，遂于白洋山右建山西闸，以杀西小江上流水势而补三江之不足，濒海数十万居民都赖以为安，朱燮元曾于安昌勒碑，以记述此事。
朱燮元登进士第，被授官大理评事。当时，山西豪绅刘申等横行乡里，既而事发，此案系狱十年不决，朱燮元受理此案，不为权贵所请，详细调查之后定案断决，平反者达到三百余人。
朱燮元出任苏州知府。苏州财赋甲天下，邑县、府吏多有漏弊，乃于府库中编列各县之名，但凡乡邑的赋输送到的，就令该县官入库，自行封识此赋。等到支解进京后，再让某位官员亲自开验，全程不让府吏插手，属邑中自此也没有了借漏耗之名滥取民财的情况。矿税使孙隆在苏州横征暴敛，激起葛成为首的万余织工群起抗暴，其时朱燮元已升为四川按察司副使，束装待行。诸大吏惊慌失措，飞檄请朱燮元平乱，朱燮元以“兵以御外寇者”，“且众怒难犯”为由，反对用兵镇压，以恩义劝谕解散，葛成挺身投案。
永宁土司奢崇明部下樊龙、樊虎杀重庆巡抚徐可求等，占据重庆，夺取遵义。随后，奢崇明僣称伪号，举所部及蛮部数万，分道进攻，叛军连破四十一州县，水陆并进，包围成都。蜀王朱至澍邀请即将入朝觐见的朱燮元留下治军，朝廷闻讯，当即升授朱燮元为佥都御史、巡抚四川，河南巡抚张我续总督四川、贵州、云南、湖广军。
当时，成都只有两千兵力，粮饷又严重不足，朱燮元先是檄召石砫、罗纲、龙安、松、茂等道兵力火速来援，又将成都城附近两百里的粟收入城中，布置下属分守四面。叛军以障革包裹竹牌，钩梯攀登城墙，并垒砌土山，建设蓬荜，用弩箭向守军发动攻击。朱燮元指挥守军以火器退敌，并派人决都江堰水灌注城壕，迫使叛军修桥，减缓攻势，随后诛杀城中通敌的叛徒，召募死士焚毁叛军在城外的望楼，击杀首领三人。
不久，援军逐渐赶来，并多有捷报，但叛军的势力也日渐壮大。一次，突然有数千叛军跟随一座“长五十丈”的吕公车抵达城下，因其形体巨大，使得守城军民极为惊恐，朱燮元一面镇静人心，一面利用吕公车行动笨重，易受攻击的弱点，调动巨木作为机关，“转索发炮，飞千钧石”，又用大炮轰击拖车的牛，群牛受惊逃散，叛军败退。
之后，朱燮元通过被叛军俘获的诸生招降了叛将罗象乾，并以诚相待，罗象乾感激不已，在此后不断将叛军的情报告知明军。朱燮元于是派部将诈降，引诱奢崇明来到城下，奢崇明发觉伏兵，当即逃脱，罗象乾放火夺取敌营。奢崇明父子败走泸州，罗象乾率部投降，成都之围，历时一百零二日，自此解除。成都解围后，张我续所部抵达，各部配合收复四川的州、县、卫所共四十多处，副使徐如珂与石柱宣抚使秦良玉等攻克重庆，击斩樊龙，朱燮元所派部将也相继收复建武、长宁及泸州等地。
然而，奢崇明死灰复燃，联合贵州水西土司安邦彦再次起兵犯黔。朝廷录朱燮元守城之功，加其为兵部侍郎，总督四川及湖广荆、岳、郧、襄、陕西汉中五府军务，兼巡抚四川，以总督贵州军务杨述中接替张我续，进击奢安之乱。但因朱燮元、杨述中分阃治军，川、贵之间各自为政，故使乱军势力愈发壮大。
朱燮元为彻底铲除奢氏，召集诸军，自长宁连破麻塘坎、观音庵、青山崖、天蓬洞诸砦，与秦良玉所部合兵直取永宁。在土地坎击破奢寅，追击至老军营、凉伞铺，杀樊虎，又穷追于横山，入青岗坪，直抵永宁城下，一举攻克，降服叛军两万人。同时，副总兵秦衍祚等也收复遵义。奢崇明父子逃入红崖大囤，被明军攻破，连拔天台、白崖、楠木诸囤，抚定红潦等四十八砦。奢崇明逃入旧蔺州城，又遭罗象乾驱逐，率残部逃奔水西龙场客仲坝，投靠倚其妹奢社辉。
此时，安邦彦收到奢崇明的求救讯息，派小股部队试探性进攻遵义、永宁，被朱燮元击退。随后，总兵官李维新等连破客仲巢、龙场，奢崇明父子窜逃深箐，其妻安氏、弟弟奢崇辉被俘，朝廷录功，进授朱燮元为右都御史兼兵部左侍郎。
为平奢氏之乱，四川聚兵十六万，土、汉兵各占一半，作为主要战斗力的土兵又骄横无礼、不肯尽力，官军养寇自利，贻误战机，使奢氏之乱迟迟未定。奢崇明父子被驱逐出后，朱燮元认为四川已无贼寇，便不再穷追，方窘甚，燮元以蜀已无贼，遂不穷追。永宁卫的收复，使明廷实际上拓地千里，朱燮元将最富庶的土地交还永宁卫，其余土地则分设四十八屯，赐给平叛有功者，命他们按时向官府进献岁赋，称为“屯将”，统一隶属于叙州府增设的一位同知管理；移叙州兵备道于卫城，与贵州参将共同驻守，自此之后，四川安定。
四川乱事虽已平息，但贵州的安邦彦之乱却愈加剧烈，贵州陷落，巡抚王三善全军覆没。次年，大将鲁钦、贵州总督蔡复一相继兵败身死，明廷认为贵州屡败在于川军未予协助，于是将川、贵督府合并，升授朱燮元为兵部尚书，兼督云南、贵州、广西军务，赐尚方剑，移镇遵义。
安邦彦乘朱燮元赴重庆、官军未动之机，分别派兵入侵云南及遵义，负责攻打永宁的奢寅被朱燮元收买的阿引刺杀。奢寅死后，奢崇明年迈无能，安邦彦也愿意接受招抚，朱燮元便将此事奏禀朝廷，派参将杨明辉前往招抚。朱燮元因父亲去世而离职服丧，由偏沅巡抚闵梦得接替职务，闵梦得到任不久，便被召回，改由兵部尚书张鹤鸣接替。张鹤鸣未抵达前，杨明辉根据制书，只说招抚安邦彦之子安位，却未提及赦免安邦彦。安邦彦大怒，杀死杨明辉，重新备战，而张鹤鸣视师一年，无所作为，使水西安氏得以养精蓄锐。
朝廷起复朱燮元为兵部尚书，总督云南、贵州、四川、湖广、广西军务兼贵州巡抚，根据之前的功劳，进官少保，世荫锦衣卫指挥使。移驻贵竹司，招流移，广开垦，恢复经济；据险要，立营垒，充实军伍，一改此前“里井萧条，……山谷悉苗仲，而将士多杀降报功，苗不附”的状况。
朱燮元命云南方面出兵乌撒府，四川方面则出兵永宁，自毕节而下，朱燮元则率主力亲驻陆广，威胁大方。贵州总兵许成名等由永宁出兵，收复赤水卫，揭开了与叛军主力决战的序幕。安邦彦自号“四裔大长老”，奢崇明称“大梁王”，分兵守陆广、鸭池、三岔等要地，并进逼遵义，合兵十万进击赤水。朱燮元授计许成名佯败，诱敌至永宁一带，先后在五峰山、桃红坝、鹅项岭，大败叛军，斩首数万级，安邦彦、奢崇明败死，叛军主力基本消灭，明思宗闻讯大喜。乌撒土官安效良死后，其妻安氏招来原沾益土官安远之弟安边，安边顽抗不服，被朱燮元驱逐，“遂复乌撒”。
安邦彦等败退水西而死，安位率余部继续顽抗，朱燮元认为叛乱基本平息，不愿再大动干戈，于是遣使招降安位。但安位犹豫不决，朱燮元遂采取“四面迭攻，渐次荡涤”的作战方针，屯兵险要，四面包围，逐步压缩，绝其资储”的方法加以逼迫，经过一百多天的围剿，斩叛军万余人。安位终于遣使乞降，平叛战争结束，贵州亦恢复安宁，朱燮元于是献善后奏疏，请求将新收土地封予封有功将士，得到允准。
奢安叛乱的平定，四川诸将被认为功劳最多，但在处置川贵之争时，朱燮元却偏袒贵州诸将，因此受到四川巡按御史马如蛟的弹劾，朱燮元遂极力请辞，被思宗极力挽留。朱燮元派兵讨平定番、镇宁等地的苗人叛乱，顺势修通威清等上六卫及平越、清平、偏桥、镇远等四卫共一千六百余里的道路，沿途修缮堡寨，设置游徼。同时将原贵州宣慰司同知宋嗣殷的领地“洪边十二马头”改土归流，设立开州，奏请恢复原施秉县，招徕流民，以充实户口。
云南阿迷州土官普名声作乱，震动远近，云南将官无法抵御，朱燮元派兵出击，成功将其招抚。之后，朱燮元与四川总兵侯良柱争执龙场设官问题，互相攻讦。四川巡按御史刘宗祥也以朱燮元“受贿，龙场、永宁不置邑卫”等事弹劾他“欺罔”之罪。思宗因此责备朱燮元，朱燮元上疏自辩，并认为水西已经归附，则不必再做徒劳功，激怒各土司。思宗览奏，仍未同意，直到后来遣使就地勘察，方才允准。
事后，明廷论桃红坝等地战胜叛军之功，加授朱燮元为少师，允许其家世荫锦衣指挥使。后因一品六年满，加左柱国，再据平叛功，晋升为世荫锦衣指挥佥事。安位死且无嗣，诸部纷争，朱燮元建议分割水西之地，授诸渠长及有功汉人，允许其人世代承袭，至此，西南遂底定。朱燮元所招抚的部分土官发动叛乱，奉命平叛的方国安等军兵败，朱燮元受牵连被贬官一秩，但此次叛乱在不久后亦被平定。
朱燮元在任上逝世，享年七十三岁，朝廷赐祭九坛，并赐墓于九里山，最初获谥号为“襄毅”，后改谥“忠定”。