熊廷弼经略辽东才短短几个月，老毛病就犯了，从头到尾和巡抚周永春、巡按陈王庭之间的龌龊就没断过。
周永春、陈王庭上书朝廷，弹劾熊廷弼独断专行，刚愎自用，全无大臣风度，一言不合，即开口大骂，骂起人来喋喋不休，没完没了，实在不堪忍受，两人双双提出辞职。
＂辽东有廷弼在即万事大吉，我等无用之人还是退避三舍为妙。＂
方从哲早就料到熊廷弼会闹这一出，嫌恶之余却只得耐着性子给他写了一封信，温言款语劝他，脾气该改一改了，再怎么说也是个进士，一肚子孔孟文章，动辄辱骂抚按大臣，实在有辱斯文，要他以大局为重，给周永春、陈王庭赔个不是，这个事就算过去了。
过了几天，方从哲收到熊廷弼回信，信中说：
＂廷弼并非存心骂人，只是幼年丧父，日以捉鱼摸虾、砍柴放牛为活，不识文学礼仪。更兼荆楚之地，乡风向来剽悍，里中少年多无赖辈，皆以好勇斗狠善骂为能，廷弼混迹其中，亦沾染此等坏习气。
及至年长，方幡然悔悟，于是弃武学文。然积习实在难改，屡悔屡犯。廷弼悔之欲死，已向周巡抚陈巡按请罪，幸二公宽宏大量，饶过廷弼。廷弼保证今后痛改前非，若有再犯，情愿罚俸一年。＂
方从哲见他说得诚恳，也乐得两头抹稀泥，分别给周永春、陈王庭写了一封信，劝他们大人大量，大局为重，齐心协力把辽东的事办好。
刚刚安抚好周永春陈王庭，熊廷弼又为了重修辽东边墙的事，与部院大臣展开了激烈的骂战。
方从哲总算明白，狗终究是改不了吃屎的，熊廷弼的保证比狗屁更不值钱。
辽东边墙始建于永乐年间，西起山海关，东至宽甸，全长近两千里，是防御蒙古各部和女真各部的工事。
沿线计有边堡九十八座，墩台八百四十九个，边堡驻军从四五十人到五六百人不等。
每十里设一堡，每五里设一台，堡台间杂，隘口林立，以烽火台传警，以了望台观敌，星罗棋布，形成了一道固若金汤的防线。
辽东边墙共分三段，西段由山海关经辽西走廊到白土厂关；
中段则与辽河河套大体重合，呈一个巨大的v字形；
东段则从镇北关一路南下，直抵靠近朝鲜边界的九连城，是明朝与女真的边界线。
整个辽东边墙之内面积达八万平方公里，是东北地区最温暖、最肥沃、开发得最好的区域，在那里生活着数十万汉人。
而在边墙之外，则生活着蒙古人、女真人。
朱棣深谋远虑，却架不住子孙不争气。
从朱厚熜开始，辽东边墙就久不得修缮，更兼蒙古人女真人一再冲击，许多地段损毁严重，大部分堡塞都无人驻守，漫长的防线上出现了一个个缺口。
尤其是朱翊钧殆政三十年，辽东边墙的东段几乎被毁弃殆尽，墙砖被人扒了偷走，努尔哈赤进出边界比踩自家菜园子还要随便。
萨尔浒之战后，明军收复了抚顺关、鸦鹘关两座大关。
熊廷弼审时度势，提出了一个雄心勃勃的计划——
用三年时间，重建辽东边墙东段。
将从北到南一字排开的镇北关、广顺关、抚安堡、抚顺关、散羊峪堡、鸦鹘关、苇子峪、碱场堡、孤山堡、瑷阳堡、新安堡、九连城等十二座大型堡塞，打造成十二座坚固堡垒，每座堡垒派八百至三千人驻守。
熊廷弼信心满满地表示——
只要这一个计划能够完成，就能隔绝建州女真与东蒙古各部的联络，并且能将建洲女真牢牢封死在东段边墙之外。
然后，对建州女真实行全方位无死角的禁运，不让一粒粮食、一尺布、一斤铁流入。
只要能坚持十年，建州将不攻自灭。
熊廷弼算了一笔账——
辽东军十万人，每年开销一千万两白银，三年共需三千万两；修建辽东边墙东段共二百五十里，约需八百万两；两项合计三千八百万两。
耗费虽然极其巨大，却是一项为千秋开太平，为子孙谋永福的不朽基业。
只要朝野上下同心同德咬紧牙关坚持三年，东段边墙堡塞修竣之日，即是建奴的末日。
熊廷弼向兵部写报告，提出这一构想。
兵部尚书黄嘉善嫌他多事，回信说：
＂照你的计划，辽东镇一年开销就高达一千三百万两，其余八镇喝西北风吗？辽东边墙要修，长城就不要修吗？钱从何处来？＂
熊廷弼起初还能耐心解释：
“建州初起，其势方雄，是腹心之患。努尔哈赤其志非小，有觊觎中原之意。鞑虏气运已尽，冢中枯骨而已，不足为惧。“
但是黄嘉善根本不听他解释。
熊廷弼的火爆脾气又发作了，专门写信给黄嘉善，将他臭骂了一顿，称之为庸才蠢才，朝廷人才死绝了，才让他在本兵的位子上滥竽充数，顺便问候了黄嘉善祖宗十八代。
黄嘉善气疯了，拿着熊廷弼的信，气咻咻向方从哲告状：
＂熊瞎子骂我也就算了，还辱及先人，简直欺人太甚！有他无我，有我无他，要么罢免他，要么罢免我！黄某羞与此等人同立朝堂之上！白纸黑字，铁证如山，诸公评评理！“
方从哲、史继偕、沈潅看完熊廷弼的信，十分无语，政见不同，可以论争，千里写信专门骂人先人是什么道理？
黄嘉善前脚刚走，户部尚书李汝华、工部尚书黄克缵也来了，也是来告熊廷弼的状的，熊廷弼也把他们给骂了。
李汝华、黄克缵要方从哲给他们主持公道。
方从哲道:\"我没这本事，不然连我也骂一顿。\"
李汝华道:\"熊廷弼自恃有功，随口辱骂部院大臣，辽东的抚按大臣、总兵参将还不知怎样受他欺凌。如此骄狂，怎堪为一方封疆大吏？我要上疏弹劾他！\"
黄克缵道：＂嚣张若此，蛮横若此，只有张居正可以与之相类。“
李汝华道：＂居正是江陵人，廷弼是江夏人，不愧是大同乡！＂
方从哲还没来得及答话，工科给事中冯三元也来到文渊阁，弹劾熊廷弼靡费钱粮，任用亲信，拥兵自重，恐有不臣之心。
紧接着，户科给事中姚宗文也来到文渊阁，弹劾熊廷弼虚报军功，冒领军饷，欺压同僚，俨然辽东土皇帝。
才几天时间，就有十余人弹劾熊廷弼，却没有任何人替他说话。
众议纷纷，方从哲不敢隐瞒，更犯不着隐瞒，在乾清门外整整等了三天，才终于等来了皇上的召见。
朱翊钧的身体每况愈下，躺在床上接见方从哲。
方从哲施完礼，说道:\"臣久不见陛下，十分挂念，陛下龙体无恙否？\"
朱翊钧懒得跟他饶舌，直接了当说道:\"有什么事就讲吧。\"
方从哲道:\"熊廷弼……\"
朱翊钧听见这三个字，便不耐烦地打断道:\"我没钱！\"
方从哲怔了怔，说道:\"臣今天来，不光是为了钱，还有更棘手的事……\"
见朱翊钧毫无反应，又继续说道:
\"熊廷弼要修边墙，预计三年修成，共要银八百万两，连同十万辽军的军费，三年共需三千八百万两。\"
朱翊钧还是一声不吭。
方从哲又说道：\"廷弼发公文到户部、兵部、工部去，三部的尚书都说没钱，廷弼恼了，千里写信骂人。三个尚书都气不过，都要辞职。\"
\"此事如何办，请陛下示下。\"
朱翊钧半天才哼哼道:\"熊廷弼是个疯子，别跟他一般见识。\"
方从哲道:\"可是李汝华、黄嘉善、黄克缵不依，非要讨个公道。冯三元、姚宗文也弹劾熊廷弼骄横跋扈，靡费军饷……\"
朱翊钧突然恼了，\"骂了就骂了，有什么大不了的。朕挨的骂还少吗，你们谁给朕主持公道了。李汝华、黄嘉善、黄克缵再闹，就命他们打努尔哈赤去，看他们能打成熊廷弼那样吗？
冯三元、姚宗文这伙子言官就是疯狗，除了咬人，啥也不会，再敢闹一句，一并革了职，送到哈密卫修城去！\"
方从哲早看熊廷弼不顺眼，也想把熊廷弼搞下来，但他没料到皇上这么维护熊廷弼。
于是见风使舵，故作惶恐之状，“陛下息怒，保重龙体要紧！只是这熊廷弼狮子大开口，几千万两银子到哪儿筹去……”
朱翊钧摆了摆手，“朕知道你在想什么，朕没钱。熊廷弼要修边墙是对的，总比修人墙来得便宜，他要的钱你们想办法筹去。\"
方从哲委屈地说道:\"这么大一笔钱，臣也不知道到哪里筹……\"
朱翊钧已经很生气了，\"啊，加税不会吗？一亩地加八厘到九厘，不就什么都有了吗？\"
怎么净是些蛮不讲理的？方从哲徒唤奈何，应了声\"是\"，慌慌张张退了出来。