然而，当桓温提出由司马昱之子司马耀来继承大统之后，原本默不作语的群臣立马炸了锅，他们纷纷提出反对意见，言辞十分的激烈，甚至连司马昱和褚蒜子都极其强烈的表达了反对意见，而他们提出的理由也让桓温深深的体会到了即便你是权臣，也需要遵循基本的礼仪法制，而桓温推举司马耀继承大统，实际上就是破坏了这种礼仪法制，所以也就不可避免的遭到了所有人的反对了。
原因很简单，若是由司马耀继承大统，那么他的父亲司马昱怎么办？总不能儿子是皇帝，父亲是王爷吧。
而桓温给出的解决办法就是：将司马耀过继给司马丕当儿子，这样就即解决了司马昱的身份问题，也解决了司马耀继承法统的法理问题。
然而，虽然当时宗族之间过继儿子是常有的事情，但是显然桓温忽略了一个重要问题就是辈份问题。
首先司马丕是晋成帝司马衍的儿子，也是晋明帝司马绍的孙子，而司马绍跟司马昱又是亲兄弟，也就是说，司马昱是司马丕的爷爷辈。
也就是说，尽管司马耀年仅五岁，但是从辈份上来讲，应该是司马丕的叔叔辈，你现在让一个叔叔去给侄子当儿子，这不是滑天下之大稽嘛？
众人反对的意见让桓温实在无法反驳，但是除了司马耀之外又实在是找不出其他的有资格继承大统的小孩来，所以最终无奈之下，桓温也只能接受由司马奕入宫继承大统这样一个事实。
见桓温不再反对之后，褚蒜子便命司马昱起草诏书，褚蒜子在诏书中说道：“琅琊王司马奕德才兼备，又是皇帝的亲弟弟，应当继承大统。”
起草完诏书，盖上大印之后，司马昱便带领着文武百官到琅邪王府去迎奉司马奕，早已得知消息的司马奕也穿戴整齐在王府里等待，并当天随驾进宫，正式登基称帝。
登基后的司马奕继续尊褚蒜子为崇德太后，尊晋穆帝皇后何法倪为穆皇后，同时册封琅邪王妃庾道怜为皇后，同时大赦天下。
随后，司马奕又命众臣商议司马丕的谥号，最终确定谥号为“哀”，史称晋哀帝，并归葬于安平陵，同时改年号为太和，改明年为太和元年。
由于司马奕已经成年，褚蒜子也就没有必要继续摄政，因此移居崇德宫，将朝政交给了司马奕。
司马奕当了皇帝之后，也听说了桓温反对过自己继承大统的事情，出于对桓温权势的恐惧，也为了拉陇桓温，于是便以桓温有拥立之功为由，赠其前部羽葆、鼓吹，赐武贲六十人；进封桓温为楚公，从荆州、江州两地析出鄱阳郡、庐陵郡、临川郡、南康郡、建安郡、晋安郡、桂阳郡、安成郡、南乡郡、章陵郡等十郡之地建立楚公国，地位在诸侯王之上。
见司马奕如此懂事，桓温之前担心司马奕会捣乱的事也就不了了之，虽然一直支持自己的褚蒜子不再摄政，但是因为朝政事实上已经被桓温总揽，再加上司马奕主动主动讨好，所以桓温决定继续推行土断。
就这样严厉的土断政策又推行了一年，至太和二年的时候，全国共清理隐藏户籍二百多户口，新增黄籍人口六百多万，使东晋的可纳税人口达到了一千七百多万的高峰。
更重要的是，通过推行土断，不但打破了士族阶层在官场上的垄断地位，更是给了寒族官员崛起的机会，重塑了新的政治格局，加强了阶层流动性，使一直以来死气沉沉的东晋社会重新焕发了生机。
但是任何事情都有正反两面，虽然这些大量的可纳税人口的出现使朝廷的财政收入与日俱增，但是由于桓温严厉打击私藏户口，动辄就下狱论罪，使一些胆小的士族宁愿不雇佣这些人也不敢再私藏户口，这也就造成了原本依附于大姓人家的北方流民失去了生存的依靠，再加上朝廷一时半会也拿不出更多的土地分给这些流民，失去依靠的流民只得再次到处流浪，由于这些流民都居无定所，又普遍的缺衣少食，情急之下，很容易发生暴乱，所以随着这些流浪的流民越来越多，给地方上的治安带来了严重影响。
针对这种情况，桓温决定采取后世“以工代赈”的方法，来解决流民的工作问题，以工代赈的意思就是在遇到灾荒年的时候，由于灾民失去了收入来源，为了生存，很容易走向暴动，而单纯的发放救济粮又很容易被贪官污吏给贪污，这样就会引起更大的暴乱。
所以为了解决这个情况，自明朝以后，朝廷往往会通过启动一些大工程，比如清理黄河、修筑长城等工程量浩大的工程来吸收这些灾民，通过给他们提供工作的方式来代替之前单纯的发放救济粮，这样即可以解决灾民的生存问题，又杜绝了贪官污吏从中贪污，还能顺便修筑一些大工程，可谓一举多得，因此也成为后世主要解决灾荒的方式。
而正好东晋的兵力一直不足，而多年来招募兵员的工作一直进行的不理想，现在正好因为土断而释放出了大量的流民，桓温就决定直接招募流民以补充兵力。
为了解决原本军队里一些弊端，桓温决定借此机会依照后世的军队模式组建一支全新的军队，由于京口地区的流民比较多，同时为了彻底掌控这支部队，将这支新的部队成为自己的私家军，桓温决定调四弟桓冲去京口组建这支军队。
由于桓冲现在还担任着青州刺史一职，因此桓温调任之前一直守孝在家的二弟桓云为青州刺史，同时又提拔侄子桓石虔为宁远将军，率军跟随桓云进驻青州广固城，协助桓云镇守青州。
桓温任命桓冲为冠军将军、徐州刺史、广陵相，都督江北诸军事，命他在京口之地招募北方流民当中的骁勇之士，组建一支全新的军队，因为京口位于京城以北，所以也被称之为北府，所以桓温便给这支崭新的军队起名为“北府兵”。
桓冲领命之后，便带着一直追随自己的手下将领，已经官至建武将军的谢玄、参军刘牢之前往京口着手组建新的军队。
在晋室东渡之前，京口实则仍是贫瘠荒凉之处，但是因为有长江作为有效屏障，因而南渡过来的流民因为财力匮乏、势单力薄，所以在抵达了可落脚的安全之地后便再也无力南行。
因此京口作为北方流民第一个落脚点，聚集了大量的流民，而这些流民为了自保又纷纷组成武装军队，以防御异族继续南下，因此也成为了一支不可忽视的力量。
在王敦之乱时，朝廷兵力匮乏，无力抵挡王敦的荆州兵，当朝太尉郗鉴就曾在此地组织流民军队平乱拱卫晋室，并取得了不错的效果，所以，郗鉴应该称得上第一任北府流民帅。
因此，在桓冲在京口打出了招募士卒的大旗之后，响应者众多，短时间内就聚集起了八万人，其中又主要以徐州、兖州、青州这三州的流民最多，由于这些流民长期在军队里与北方异族作战，又多半都遭受过胡人的掠夺和欺辱，甚至还有不少人的妻子儿女都是死在了胡人的刀下，国恨家仇都挤在一块，使他们对胡人格外的仇视。
再加上这些南渡流民在这之前就是半武装性质，整天个跟胡人作战，所以战斗力颇为强劲，战斗意志十分坚定，因而由这些流民组建起来的军队的整体实力要比朝廷的正规军都要高出一大截，战斗力十分可观。