自李靖去世后，李世民又去了终南山的翠微宫。
忽然间他患了痢疾，肚子疼得如刀绞，想腹泻又没得腹泻，痛苦异常。
这次病情特别危重，不是以前的体虚，还能用人参茯苓，调养元气。
太子李治入宫陪侍李世民，白天和黑夜都守护在他身旁。
还有久受恩宠的武媚娘，也随侍在终南山翠微行宫，端水递药，日夜围着李世民转。
武媚娘利用和太子李治有接触的机会，眉眼传情。
李世民困倦乏力，昏昏沉沉睡着了。
床前只剩太子李治和武媚娘两个人，烛火剔焰灯更明，彼此频频含情相看。
武媚娘看见太子头上，竟然有几根白头发，不禁忧愁不悦地说：
“殿下刚过二十岁，为何头发就变白呢？”
太子惊讶地说：
“真有白头发么？敢情是已经老了不成？”
武媚娘微笑着说：
“想必是殿下服侍皇上，日夜操劳才这样。
殿下可算得上是恪守对长辈恭敬顺从的孝道了。”
太子说：
“也不是全是因为如此，还因为日思夜想一个人。你可知道我的心意么？”
武媚娘看了他一眼，正要回答，见有宫中役女进来，便回头对役女说：
“圣上正在熟睡，你们别出声，我去去就来。”
说着就向外走去。
这时候太子李治也跟在了她身后，出了李世民寝室，轻手轻脚地一直跟着武媚娘，竟然跟到了她的卧室里。
武媚娘见太子李治跟来，故意生气地说：
“皇上还在病着呢，殿下想违背天理人伦，轻易污秽贵体么？
怎么能随意跑到这里，还不赶快出去？”
太子李治说：
“因为思念你，头发都白了。你应该同情可怜我吧？”
随后武媚娘就半推半就，他俩就铺开被褥，躺在上面，发生了不可描述的男女云雨之事。
雨停云散之后，他俩山誓海盟，相互表示永不相负。
李世民病情不见好转，过了三天，已是生命垂危。
一天，武媚娘和太子都在床前侍奉李世民。
李世民声音微弱地对武媚娘说：
“朕自患痢疾以来，服药无效，反而加重，看来再也不会站起来了。
你侍奉朕多年，朕不忍心撇下你，你试着自己想想，朕死后，你打算怎么活下去？”
武媚娘跪下说：
“妾蒙圣上厚恩，本该以死报答恩德，但皇上龙体未必不能康复，我也不敢随便死了。
我情愿削去头发，身披僧衣，吃斋念佛，为圣上拜祝长生，聊以报答恩宠。”
李世民说：
“好。好。你既有此意，今天就可出宫，省得朕为你劳心了。”
武媚娘拜谢而出，自己匆匆收拾行装去了。
太子在旁看见，好似晴天霹雳，一时不知所措。
这时李世民好像是自言自语又像是对太子李治说：
“武氏应着女子当主天下的预言，我打算将她赐死，实在于心不忍。
好在她自愿为僧尼，天下没有尼姑做皇帝，我死也安心了。”
说着，李世民看了一眼太子，说：
“你出去宣旨传召长孙无忌、褚遂良进来。”
李治既令宦官去召长孙无忌、褚遂良。
他自己慌忙跑进武媚娘卧室，见武媚娘正在急三火四地收拾个人物品，便对她低声哭泣着说：
“你真甘心撇下我么？”
武媚娘说：
“皇上旨意难以违抗，我只好去了。”
说着她挥泪如雨，泣不成声。
太子李治说：
“你为什么自愿削发为尼？”
武媚娘说：
“我如果不这么说，恐怕我的命就没了，那就不是两个人现在活着分离，是跟你生死诀别了。”
太子李治听了点了点头。
武媚 娘又接着说：
“殿下果真心中念着臣妾，妾愿好好活着，从此甘心静心修行。
但是恐怕殿下登基后，嫔妃妻妾，搜罗入宫不计其数，到时候不一定还记着我了。”
说到这里，又扑簌簌流下泪来。
李治用手指着天说：
“我如果辜负你，天打雷劈！”
武媚娘急忙用话截住他说：
“殿下深情厚意，妾已经领略了。只求一件信物为表记。”
李治从腰间解下一个九龙玉佩，递与媚娘。
媚娘刚在接受，忽些有宫女跑来说：
“皇上传宣殿下，请殿下快去应旨！”
李治听了，也来不及和武媚娘深情诀别，只说了：
“后会有期，好自保重！”
便急忙赶往李世民寝室。
走到卧室门口，听到里面低声说话，估计是长孙无忌、褚遂良两个人和皇帝说话。
李治隐隐听见父皇说：
“太子仁德孝顺，愿你们多用心辅导。不要辜负朕的嘱托。”
接着是两人同声答：
“遵旨。”
李治匆匆走入，与两人行过了礼，站在一边。
李世民看了一眼太子李治，说道：
“无忌、遂良两位爱卿，可以辅佐你，你不必担心忧虑。”
李世民又对褚道良说：
“长孙无忌为朕尽忠，朕拥有天下，他出力最多，朕死后，匆让谗媚小人，陷害忠臣。”
说完就兀自黯然神伤。
李世民随后又让人传入宫中太监，问：
“武才人已经出去了么？你去传旨，叫她急速出宫，不必再来见我。”
宦官领旨而去。
李世民又觉得腹疼难忍，疼得喊叫了一会，眼前模模糊糊看不清了，仿佛大哥李建成、四弟李元吉，前来索命了。
李世民忍不住“啊哟“大叫一声，竟然昏厥过去。
好不容易把他喊醒，李世民示意褚遂良草写遗诏，一面传召妃嫔及李治太子妃王玉燕同到床前送终。
褚遂良按李世民嘱咐写好遗诏，呈给李世民过目。
李世民略微扫了一眼，便让人交给长孙无忌。
他握着太子李治的手，又指了指太子妃王玉燕，对长孙老忌、褚遂良说：
“如今我的好儿子、好儿媳，都托付给你们了。”
再想继续说，喉咙好像被什么卡住，喘息不过来，说不出话了，李世民握着太子李治的手也慢慢松开了。
李治声嘶力竭地喊着：
“父皇！父皇！”
他也没有回应。
他没有呼吸，没有脉搏心跳，脸上也失去血色，变得干黄。眼睛紧闭，眼角有眼泪。
长孙无忌哽咽着地对李治说：
“皇上已经去世了。”
这天是649年五月二十六日。李世民驾崩于终南山翠微行宫含风殿，终年五十三岁。
雄才大略的千古一帝李世民，永远离开了他深爱的这个世界。
大家都想放声大哭举哀，长孙无忌摇摇手说：
“且慢，且慢，先别放声哭。”
李治问：
“为什么不能放声哭？
长孙无忌说：
“这是行宫，在这里举丧不合礼仪，请殿下速即还朝，召集百官迎奉先帝灵柩，这样才没有顾虑。”
褚遂良也表示赞同。
太子李治于是离开终南山翠微行宫，由卫士护卫去了长安皇宫。
这时长孙无忌、褚遂良命令宫人把李世民遗体用皇帝车驾运载，返归长安城。
太子李治已经组织文武百官在宫门外迎候，迎入李世民灵柩入皇宫，然后发丧。
太子李治宣示李世民遗诏，暂停征讨高丽备战行动，停止土木建设。
夷人胡人在唐朝做官的，居住在长安的各国使者，大约有几百人，听到李世民去世噩耗，放声恸哭。
突厥族人剪去头发，用短刀划脸表示悲伤。
在位二十三年的李世民，自秦汉以后，是威德兼备的英明皇帝。他不是没有缺点的完人，但文功武略盖世，华夏民族世世代代感念他。
649六月初一，22岁的太子李治即皇位，史学家称他为唐高宗。
唐高宗李治宣布：
大赦天下。
赐文武百官各升一级。升任长孙无忌为太尉。
召李世绩入京，提升为一品官同级待遇。
授任李世绩为左仆射，晋封司空。
遵从唐太宗李世民遗命，他死后“世“民两个字都要避讳，李世绩于是从名字中把“世”字除去，从此改名李绩。
唐太宗李世民是贞观十三年(649)年五月驾崩，八月同长孙皇后合葬于昭陵。
番将阿史那社尔、契苾何力，进见高宗李治，他俩齐声请求：
“陛下，我俩感怀先帝知遇之恩，请求自杀为先帝殉葬。
诚心可鉴苍天，望陛下恩准。”
李治说：
“不可。先帝在天之灵，必盼二位忠臣良将，继续为国家效力。
不愿意你俩用殉葬报恩。
为示忠诚，可立石像侍立昭陵之侧，以示伴守。”
蛮夷胡人首领，在征战中被唐军擒服成为唐朝将领的，自颉利以下共十四人。
高宗李治准许，石匠为他们刻制石像，用石像代替真人陪侍在昭陵李世民身旁。